出資持分の整理は、組合員の脱退が前提である。脱退には資格喪失か除名が考えられる。行方不明と同時に事業を廃止していれば資格喪失で、除名理由としては組合法第19条第2項第1号（長期間にわたって組合の施設を利用しない組合員）か第2号（出資の払込、経費の支払その他組合に対する義務を怠った組合員）がある。
したがって、資格喪失とする場合は、理事会の議決により、内容証明郵便で通知する。除名は総会議決によるので、組合法第19条による手続をとる。いづれにしても、脱退によって組合員に持分払戻請求権ができ、この請求権は2年間の時効で消滅するので、時効まで未払持分としておき、時効成立をもって取崩し、一般の金銭債権が消滅した場合と同様益金として処理する。