組合の事業に必要な費用の調達方法に2つある。その1つは使用料及び手数料であり、他の1つは経費賦課によるものである。
組合の経済事業は、組合員各人によって利用度を異にするものであるから、これに要する費用は使用料又は手数料によって調達するのが原則である。しかし組合では福利厚生、教育及び情報提供に関する事業等のいわゆる共通事業がある。この事業の利益は組合員全体が共通して受けるものであり、手数料収入を伴わないので、これに要する費用は組合員に賦課することができる。
組合は出資を基礎として経済事業を営む企業体であるから、経費を賦課しないで、使用料、手数料で運営すべきである。共通事業に要する経費についても、なるべく賦課せず、経済事業による剰余金のうちから支出するのが理想である。事業協同組合が剰余金の処分において、「教育及び情報に関する事業の費用に充てるため、毎事業年度の剰余金の20分の1以上を翌事業年度に繰越さなければならない」としている立法の趣旨もここにあると考えられる（組合法第58条第4項）。
なお、共同施設の償却費、借入金の利子等組合の費用を組合員に割当てて徴収するために「特別負担金」をとることもある。この場合は「負担金収入」の科目で処理するか、具体的な目的を表示した科目で処理する。しかし、組合の欠損?補のために「特別分担金」のような名目で、経費を賦課する如きことは、組合の経済性を否定するものであるから、できるだけ避けるべきである。とくに、組合法の定める有限責任の原則からみても問題である。