事業協同組合名義で登記している不動産の協業組合名義への変更の登記については、不動産１個につき１，０００円の登録免許税が課税される。（登録免許税法上の取扱いは、「不動産の登記の更正の登記」に該当することとされている。一登録免許税法別表第１中の一不動産の登記の（１１））。
（注）本件については、組織変更に係る不動産登記か不動産の移転の登記か登記名義人の表示変更の登記か疑義のあるところ、後者の登記とされたものである。なおこれに関しては、昭和２５年６月１６日付民事１，６１２号及び昭和２９年１１月１６日付民事甲２，４０２号の通達がある。